1991年冬，自稱是“克格勃上校”邦達列夫到達西伯利亞黑天鵝港，他在那裏看到龍類骨骸與基因實驗。但誰也不曾料到，他的到來為這個絕密的基地帶來毀滅。港口爆炸後，他攜帶古龍胚胎離開，從此龍族世界的命運發生了改變。與此同時，一個神秘男孩帶著女孩雷娜塔也悄悄離開西伯利亞。
20年後，日本海域發現龍族心跳信號，校長昂熱親自制定SS計劃，混血種少年凱撒、楚子航、 路明非接受特別任務空降日本。一到東京，他們就受到日本分部的盛情接待，執行員源稚生成為他們的導游。三個性格各異的少年帶著任務壓力來到東京，見分部領袖、交日本朋友、同時也流連街頭夜生活、商場購物街，玩的不亦樂乎。隨後，三人正式開始水下任務，深潛器將愷撒小組送至八千米深的海域，他們見到了令人驚嘆的龍族城市。就在此時，龍族胚胎開始孵化，深潛器突然出現問題，日本分部失去聯系，情況萬分危急，三個少年將面臨有史以來最嚴峻的考驗。他們究竟如何擺脫困境？海底龍城有著什麽樣的歷史？蛇岐八家的陰謀是什麽？
20年前這個被命名為“零”的少女，與路明非的那位同級同學之間有什麽聯系？20年前這段重生的往事，又將怎樣影響著人類與龍族的未來？