請其出任文科學長。隨即聘任胡適、劉半農、周作人等為教授。他們和原在北大的錢玄同、沈尹默、沈兼士一起，致力於文科的革新，“文學革命，思想自由的風氣，遂大流行”。除上述數人外，文科尚有陶孟和、顧孟餘、陳大齊、楊蔭慶、錢秣陵、楊昌濟等教授，也熱心於哲學、英文、德文諸門的改革。理科教授，也都是飽學之士。法科方面，雖尚無人講授比較法之類的課程，但已有馬寅初、高一涵等專任的教授。他們絕大多數，都年在30歲左右。其中，胡適、劉半農年僅27歲，最小的年僅24歲。

蔡元培憑借這批英年才俊為骨幹，依靠他們帶動全校，共同努力把腐朽的“官僚養成所”朝向昌明學術的最高學府推進。蔡先生說：“我對於各家學說，依各國大學通例，循思想自由原則，兼容並包。無論何種學派，茍其言之成理，持之有故，尚未達自然淘汰之命運，即使彼此相反，也聽他們自由發展。”在兼容並包原則下，對於確有真才實學而學術觀點、政治傾向不同的守舊學者，仍延為教授，展其所長，對他們一視同仁，絕不歧視。例如辜鴻銘，留學歐洲多年，辛亥革命後，仍留蓄長辮，表示效忠清室，但他精通英、法、德及希臘語文，於英國文學深有研究，仍請他講授《英詩》。又如劉師培，曾參與反清革命，後變節為清探，又為袁世凱稱帝效力，但劉於國學造詣極深，故仍聘他講授《中國中古文學史》。

蔡先生還不拘一格選拔與培養人才，24歲的梁漱溟，中學畢業後自修哲學，蔡先生看到他所撰《究元決疑論》一文，認為是一家之言，即聘為北大講師，講授《印度哲學》。和梁同齡的毛澤東，剛畢業於湖南第一師範，到北京襄辦留法勤工儉學，急需就業，蔡先生就通知圖書館主任李大釗，讓他當上圖書館助理員，得以博覽北大藏書，“迅速地朝著馬克思主義的方向發展”。對於學術水平低下、教學態度惡劣的原有中、外教員，一律按約解聘。一個被辭退的法國教員向法庭控告，但有合同為憑，他的無理要求全遭駁斥。英國教員克德萊等被黜退後，鼓動英國駐華公使朱爾典親自到校，要求續聘，也遭拒絕。

北大原是文、理、法、商、工五科並立，沒有重點，蔡元培大膽改革北大學制。他根據教育部關於大學專設文、理兩科，法、醫、農、工、商等科分別成為獨立的大學之新規定，對北大各科做了整頓，例如擴充文、理兩科專業，工科並入北洋大學、商科並入法科等。

蔡元培認為：大學者，囊括大典網羅眾家之學府也。他的“囊括大典”就是大學是包括各種學問的機關，無論何種學派，茍其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之命運，即使彼此相反，也聽他們自由發展。他的這種做法使新思想、新文化沖進北大，在與原來的舊思想、舊文化的較量中壯大，並得以傳播。當時的北大成為一批激進的資產階級民主派活動的舞臺，成為新文化運動的中心，思想上各派並存，形成百家爭鳴的局面，學術思想空前的繁榮，白話文與文言文、唯物主義與唯心主義等爭論不停，在守舊派與革新派的論戰中，蔡元培支持革新派，表現了他鮮明的立場。

1917年11月俄國十月革命的勝利，馬克思列寧主義傳入了中國，社會主義也成了當時世界一股強大的社會思潮，被聘為北大圖書館館長的李大釗在中國最早接受和傳播馬克思主義。1920年3月，在蔡元培的支持下，北大又成立了馬克思學說研究會，隨後馬克思主義在全國廣泛傳播。北大在中國革命的歷史上產生了不可磨滅的影響，誠如後來曾擔任北大校長的周培源所說：“這些均與蔡先生作校長分不開，要是沒有蔡先生這樣民主，對待革命事業、對待新思想這樣竭盡全力支持的校長，那麽北大也就不會有這麽大的貢獻。”著名的哲學家馮友蘭說：“蔡先生是中國近代的大教育家，這是人們所公認的。我在大字上又加了一個最字，因為一直到現在我還沒有看見第二個像蔡先生那樣的大教育家。”

蔡元培先生主持北大期間，胡適稱之為“北京大學的蔡元培時代”。正如吳玉章所說：“蔡先生被任為北京大學校長……羅致進步人士為北大教授，如我黨出色人物李大釗同志及主張白話文、大倡文學革命的胡適等，起了新文化運動的革命作用。一時新思潮勃興，學術思想為之大變，尤其是我半殖民地半封建的國家，受了十月革命的影響。社會主義的思潮，洶湧於一般人士，特別是青年腦筋中，使中國苦悶而沒有出路的革命知識分子得到了新生命，獲得了新武器，因而就有沖破舊桎梏而創造新文學、新文化的勇氣，因而就有反帝反封建轟轟烈烈的五四運動。這就為中國歷史開一新紀元。雖然這是時代所產生的必然的結果，而蔡先生領導之功，自不可沒。”

“從明天起照常上課”

“五四”運動之前，盡管封建禮教已受到了很大沖擊，但“男女授受不親”、“男女七歲不同席”等舊傳統仍根深蒂固。雖然有專為女子設立的高等學校如北京協和女大、南京金陵女大、福州華南女大、北京女高師府等，但是大學男女同校，接受平等教育的事還未曾有過。

蔡元培對這一現實極為不滿。1919年3月15日，他在北京青年會作了《貧民院與貧兒教育關系》的講演，認為：男女社交公開，尊重女權已是世界潮流，“我們國裏還能嚴守從前男女的界限，逆這世界大潮流麽？”此次講演中他產生了試驗大學男女同校的想法。

蔡元培在北大期間，學生運動開始萌芽。蔡元培本人並不支持學生運動，從一開始，他就對群眾運動的負面作用有清醒的認識，對過度參與政治活動傷害學術研究和大學獨立有清醒的認識。

當時的一名北大學生曹建對“五四”時蔡元培的言行有生動的回憶：學生被捕之後，大家聚集在三院禮堂裏，束手無策。突然聽見腳步聲從外面傳來，眾人仰首張望，原來是蔡元培校長。一些學生害怕受到蔡元培的斥責，另一些學生則歡呼，有些甚至放聲大哭。蔡元培從容走上講臺，怡言溫詞地對大家說：“你們今天所做的事情我全知道了。我寄以相當的同情。”還沒有說完，全場呼聲雷動。蔡元培接著說：“我是全校之主，我自當盡營救學生之責。關於善後處理事宜也由我辦理，只希望你們聽我一句話就好了。”這句話就是“從明天起照常上課”。

蔡元培反覆向學生強調：“五四”運動，同學喚醒民眾救國覺悟，熱情可嘉；然而青年救國不可僅憑一時熱情，主要應靠學識才力，要“讀書不忘救國、救國不忘讀書”才行。這次運動同學們不得以犧牲學業為代價，今後應發揚自主精神，蔡元培認為學生應“以研究學問為第一責任”。

蔡元培在《我在北京大學的經歷》中寫道：“我對於學生運動，素有一種成見，以為學生在學校裏面，應以求學為第一目的，不應有何等政治的組織。其年有在20歲以上者，對於組織有特殊興趣者，可以個人資格參加政治團體，不必牽涉學校。所以民國七年夏間，北京各校學生，曾為外交問題，結隊游行，向總統府請願。當北大學生出發時，我曾阻止他們，他們一定要參與。我因此引咎辭職，經慰留而罷。”

“五四”運動使蔡元培及北大的學生看到了發動民眾的重要性。因此運動後同學們以比從前更大的熱情舉辦平民夜校、星期日演講會，出版通俗刊物等。蔡元培不僅讚許此舉，而且還從學校角度予以財力、物力上的支持。

教育部在一年前給北大公函中即稱，“國立大學校為社會視聽所系，所有女生旁聽辦法，務須格外慎重，以免發生弊端。”

欲開女禁的蔡元培公開表示：大學之開女禁問題，則予以為不必有所表示。因教育部所定規程，對於大學學生，本無限於男女之規定，如選舉法中之選舉權者。且稽諸歐美各國，無不男女並收，故予以為無開女禁與否之問題。即如北京大學明年招生時，倘有程度相適之女學生，盡可報考，如程度及格，亦可錄取也。

《中國新報》在1920年元旦的新年

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