393年，狄奧多西一世宣布基督教為國教，並反對一切異教和異端，關閉多神教的神廟，新建基督教教堂。所帶來的結果是：1.基督教地位上升，成為唯一合法宗教。初期教會活在一個不友善的政治環境之下，只能關註到如何保存及開拓其生存與傳福音的空間，可是當基督教成為社會上的主流信仰，便得對各樣公眾和社會的問題表態。基督教從社會的邊緣，逐漸挪移至社會的中心，信仰的涵括面愈來愈大。

2.信徒人數上升，教會世俗化嚴重。基督教成為國教後，情況便大大不同了。每個市民都自動成為“基督徒”，做基督徒成了唯一的、理所當然的抉擇，甚至是毋庸抉擇的。一個毋庸個人嚴肅思索、鄭重抉擇的信仰，自然甚難成為個人主動的信仰，教會世俗化日趨嚴重。

3.國家對宗教事務的影響。當基督教成為羅馬帝國的國教後，政府便開始對教會事務有所監控，而政教關系與兩者權力的此消彼長，亦成了此時期乃至中世紀教會歷史的重要課題。

4.基督教局部出現異教化。許多人由異教崇拜轉至皈依基督教，最大的意義就是改換了崇拜的對象，其他則不會有太大的分別仍用舊有的方式去敬拜新的上帝。不少信徒將他們昔日對異教神明的信仰，轉移至馬利亞及由教會確立的聖人身上。教會也出現了各種聖物崇拜等弊端。

聶斯托利（386年－451年），敘利亞人，曾進入安提阿修道院作修士。中譯亦作聶斯多略、聶斯脫利、聶斯托留或涅斯多留等，於428年4月10日至431年6月22日出任君士坦丁堡牧首。

他提出基督二性連接說。基督二性二位說則是亞歷山大學派在會議上對他的基督論所提出的罪名。聶斯脫裏認為童貞女瑪利亞只是生育耶穌肉體，而非付予神性，因此反對將她神化、禮敬，以“基督之母”的稱呼取代“上帝之母”。

聶斯脫裏一直持守著他認為正統的信仰；他說，聖經顯示基督是真正神聖的，就此意義而言，他不能與人的受苦或變易有任何關系。但同一本聖經亦說，基督是一個真人，有真人的生活、成長、受試探和受苦。真正的神、真正的人，我們要怎樣明白這兩個完全不同性質的關系呢？

聶斯脫裏認為惟一的方法，就是承認他們“同一的位格”中有分開的存在。“基督是不能被分割的，他就是基督，但他也有兩面，他既是神，也是人；作為兒子，他是同一的；但他也具有兩面。在兒子這個位格中，他是一個個體；但就如兩只眼睛的情形一樣，他在人性及神性這兩個本性上，卻是分開的”基督的二性是完全分開的。根據他的觀點，耶穌的位格好比是一個容器中的油和水，如同油和水不會混合一樣，油漂在水面上，仍舊是油，而油下面的水也始終是水。所以他說，神和人不會混合。聶斯托留說，神的兒子住在耶穌這個人的身體裏，就好像住在殿裏。

對於反對稱呼馬利亞為「生神者」並非聶斯脫裏首先提出的論述，而是由一位長老亞他那修所提出，聶斯脫裏本著為真理辯護的的熱情提文支持此說法。對於聶斯脫裏而言，他所要批評的是亞歷山大學派過度強調耶穌的神性。安提阿學派所強調是耶穌真實存在在歷史之中，所以耶穌擁有完整的人性即是有理性、感性與自由意識。所以聶斯脫裏所反對的是亞歷山大學派對於基督兩性融合為一新性的說法。但清楚的區分使得亞力山大學派抓住了聶斯脫裏認為基督有兩個位格的說法。

428年，聶裏脫裏出任君士坦丁堡牧首，引起亞歷山大宗主教奚利爾猛烈抨擊。公元431年，以弗所會議召開後，多個派別的沖突雖然被調解，但是聶氏被革除牧首的職務，其教派亦定作異端，最終客死在埃及。聶斯托利派後來在埃及一帶繼續發展，還在波斯建立教會，並向東傳福音。

第一次尼西亞公會議解決了三一論問題後，基督論即成為4～5世紀神學爭論的中心。主張一性論（基督在“道成肉身”後即只有神性而不具人性）的代表人物優提克斯被448年君士坦丁堡教會會議判為異端。優提克斯利用政治關系唆使皇帝提阿丟斯二世於449年召開以弗所會議(即後世天主教會所謂“強盜會議”)進行翻案。

提阿丟斯二世死後，其繼位者馬吉安和女皇普爾凱麗婭為迎合當時在東西方教會中均占優勢的二性論派（主張基督具有神、人二性），以平息帝國境內的教會爭端，召開了此次有600餘名主教參加的公會議。羅馬主教利奧一世也派代表出席。會議推翻了“強盜會議”的決定，重申以前三次公會議的結論，再次將一性論斥為異端，並革除優提克斯教籍。會議接受利奧一世的“教義書信”，規定基督為三位一體的第二位，有真實的神性和真實的人性;其神人二性“不混、不變、不分、不離、同存於一個位格之中”。這就是被後世大多數教會承認為正統基督論的最初公式，稱“卡爾西頓信式”。會議提高了羅馬主教的地位，同時又批準君士坦丁堡牧首在東方教會中的領導地位。但羅馬教會對後者始終不予承認，此乃為東西方教會長期分裂的癥結。

當時有不同的基督論產生，東方教會出現了混亂。猶提幹用“基督一性論”宣稱基督只有一個位格，卻只有一個神性，因基督的人性已被神性蓋過。由於地方會議未能平息此主張，東羅馬皇帝馬仙召集舉行此大公會議。與會的大部份是東方教會的主教，西方教會只有教宗委任的三位。會初，大家一致通過接納尼西亞信經、李奧一世（又稱大利奧）的《大卷》及區利羅寫給聶斯脫裏的信件，視之為基督論的正統。猶提幹因其主張，被會議定為異端。在羅馬皇帝馬仙和政府代表極力要求下重定了信仰告白，最後制定了《迦克墩信經》：1、我們全體一致，同心合意追隨眾教父，教導眾人宣認惟一聖子我主耶穌基督，他既有完全的神性，也有完全的人性；2、他真是神，也真是人，具有理性的靈魂，也有血肉的身體；3、就神性而言，本質與父神相同，就人性而言，本質與我們相同，他凡事與我們一樣，只是沒有犯罪；4、就神性而言，他在萬世之前，為父神所生；就人性而言，他在末後之日，為拯救我們，由主的母童貞女馬利亞所生；

5、我們既相信也教導：這惟一的基督、聖子、主、獨生子，具有神人二性。其二性不相混淆，不相替換，不能分割，不能離散；

6、二性的區別不因聯合而消失，二性的特質全都保留且並存，二性聯於一個位格之中，存於一位實體之內；並非分開成為兩位，而是一位聖子、神的獨生子、聖道、我主耶穌基督；

7、這是眾先知從起初所宣講的，是主耶穌基督親自教導的，也是眾教父的信經所傳給我們的。

在羅馬帝國遼闊的疆土上，最重要的城市有五個，它們是耶路撒冷、安提阿、亞歷山大、君士坦丁堡及羅馬。這五個大城的主教均被稱為主教長。前四座城在帝國的東部，主要語言是希臘文；唯獨羅馬屬於帝國西部，使用拉丁文。而羅馬主教卻最終演變成教皇。

按照天主教會的傳統說法，耶穌基督的第一個門徒彼得（亦譯“伯多祿”）乃眾門徒之首，他於傳教過程中去羅馬擔任了羅馬教會的第一任主教，從此，羅馬主教均為彼得的繼位人，其地位因而也在其他主教之上。這便是“教皇制”的由來。所以，“教皇”的全稱為“羅馬城主教、羅馬教省都主教、西部宗主教、梵蒂岡君主、教皇”，亦稱“宗徒彼得的繼位人”、“基督在世的代表”等。756年法蘭克王丕平“獻土”後又在意大利形成“教皇國”世俗政權。在天主教會的教階體制中，教皇享有最高的立法權和司法權，能制定或廢除教會法規，指定人員組成教廷，創立教區、任命主教，而且“在倫理和信仰上永無謬誤”。在11世紀前，教皇須經世俗君主或意大利貴族遴選或認可。尼古拉二世登基後於1059年決定教皇由樞機主教選舉產生，但須得到法蘭克王亨利一世及其繼位者的認可。直到1179年第三次拉特蘭會議和1274年第二次裏昂會議兩次確認後，才正式規定教皇可單由樞機主教選舉產生，不過仍須承認法、西、奧三國君主對候選人具有否決權。20世紀初，庇護十世廢除了這種世俗君主的否決權。1914年，本篤十五世遂成為單由樞機主教選為教皇的第一人。教皇當選後任職終身，不受罷免，但可自行辭職。

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