一舉重創元均為首的朝鮮水軍，又配合陸軍水陸夾擊漆川島的朝鮮水軍，朝軍幾乎全軍覆沒，日軍控制了制海權。8月1日，14000日軍三路進攻全羅道，正好趕上明軍進駐全羅、忠清。大將楊元率3000人守衛南原，但寡不敵眾，2700餘人戰死，楊元負傷。

8月19日，明軍除守衛稷山外全線退至漢城，日軍占領了全羅道全部地區。李舜臣重新被任命為三道水軍節度使，但此時他手中只有12艘船和120名士兵而已。於是李舜臣整頓了殘餘部隊，在碧波亭水域悄悄準備恢覆實力。

9月7日黑田長政10000人分攻稷城和舒川，被明將解生打敗。這時明將邢玠和麻貴統兵四萬和朝鮮權粟元帥會師，大舉南進。豐臣秀吉情知不妙，加上李舜臣又在鳴梁海峽以少勝多，大敗日水軍，所以日軍連忙戰略後撤，令加藤清正守蔚山、小西行長守順天、島津義弘守泅川，形成沿海要點的守備態勢。

聯軍經過偵察，決定先進攻只有兩萬人的蔚山。12月23日午夜，明軍三路直搗蔚山，李如松交戰後佯退，會同友軍消滅了500餘日軍。正在監督西生浦的加藤清正連忙返回蔚山，親自守城。明軍連續四天猛烈強攻，仍舊沒有攻下城池，其間加藤清正也難以支撐，就送信給明軍乞求講和，被拒絕。雙方僵持之時，西生浦13000多日軍趕來增援。1598年2月9日，明軍屢攻不下，被迫撤退。

蔚山戰役後，雙方都調整了戰略。秀吉眼見反攻無望，只得繼續確保防線，在朝鮮南部站穩之後再蠶食朝鮮。而明軍雖經蔚山慘敗，但主力未損，而且國內又派陳遴和鄧子龍的水軍前來助陣。所以明軍開始同時進攻三座要塞：蔚山、泅川、粟林。同時明水軍和李舜臣的聯合艦隊控制了南朝鮮海權，切斷了日軍的退路。這時候在朝日軍只有6萬人，而中朝聯軍則有11萬之眾，明顯占有優勢。

8月18日，征戰一生的豐臣秀吉因為朝鮮戰爭的失利，在氣急敗壞中病死於伏見城中。臨死前遺命退兵。這對朝鮮的日軍無疑是雪上加霜。小西行長進退不能，再次提出和談，並再度遭拒，只能堅守城堡，等待援軍。

9月20日，中朝聯軍水陸並進，向小西行長駐守的順天進攻，同時明軍還襲擊了晉州。一直到10月2日，順天仍未被攻破，而襲擊晉州的明軍已經占領晉州，以近3萬人的強大兵力攻打泅川。本來戰況順利，但不料明軍火藥庫突然爆炸，結果全軍大亂，又遭日軍追擊，傷亡高達800多人。

到了11月，日軍的承受能力已經達到極限，小西行長再次準備厚禮送至李舜臣營中，希望和談，還是遭到拒絕。絕望的小西行長向島津義弘求救，島津於是集結近500艘船，企圖沖破聯軍防線，打通回國的渠道。在露梁海面，與陳遴、李舜臣的水軍展開最後一次大規模水戰。戰鬥中李舜臣、鄧子龍先後戰死，但島津的艦隊也被殲滅了200多艘。

12月上旬，日軍全線後撤，幸虧日本國內派兵救援，方屈守一隅，聯軍因為李舜臣之死而變得遲鈍，日軍終於大部分勉強撤回了日本。日本的這輪單挑無功而返。

戰爭結束後，朝鮮在漢城建了“大報壇”以感謝明朝相救，之後明軍回國，朝鮮對明的感激之情甚至持續到了清初。

因為豐臣秀吉之死和朝鮮戰爭的慘敗，剛剛恢覆秩序的日本又陷入了文吏派與武將派的紛爭。德川家康（秀吉的大將）的嫡系部隊因為沒參加戰爭而絲毫未損，兩年後關原之戰爆發……德川幕府誕生。

滿清入關後，清朝國力鼎盛，日本人在200年間未敢輕舉妄動。但清朝道光之後，國力急轉直下，終於在1840年的鴉片戰爭中被英國人打敗，中國進入了半殖民地半封建社會。中國在兩次鴉片戰爭中的失敗，既讓日本看到了歐洲列強侵略的恐怖性，又讓他們看到了新一輪挑戰中國人的機會終於來了。明治維新（1868年）後的第三年，日本國力剛剛有所上升，國內的武士階層就迫不及待地提出要征服朝鮮（三韓）。明治六年，日軍開始侵略中國臺灣，明治八年，日本人強迫中國的藩屬國琉球與清朝解除冊封關系，明治十二年，日本公然吞並琉球，改名沖繩縣。至1895年，日本人在中日甲午戰爭中擊敗清朝，徹底改變了近2000年來的力量對比。

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