，取得中國內地的絲綢，由泉州橫越南海，則可到西班牙大航海時代的大型貿易站馬尼拉，經過馬尼拉，還可以南行到印尼，或橫向途經舊金山繞到墨西哥。因此，從十六世紀開始，臺灣就是太平洋貿易區往來的中繼站，所以才會引起國際航海帝國主義的重視與爭奪。

然而，對於當時中國東南沿海的漁民、各路海盜或海上非法貿易集團而言，臺灣僅是個歇腳避風、躲避政府追剿之地；對明朝當局來說，臺灣只是一處瘟疫蔓延、土著兇悍的化外荒島。漢人真正開始移民臺灣，遲至明代中葉才開始。

當時因部分倭寇、海盜以臺南為基地，不斷擾亂附近的海域，使得大陸東南沿海居民與臺灣原住民皆深受其害，明朝廷因此幾次派兵討伐，與原住民有了初次接觸，也開啟漢族移民之始。閩粵一帶陸續有居民因為逃難、捕魚、經商等目的移居臺南，在一鯤身（即今安平一帶）、北線尾沙洲一帶逐漸形成聚落。

1624年，原占領澎湖的荷蘭人被明朝軍隊所逐，轉而進據臺灣南部。從那時候起，荷蘭東印度公司就將臺灣作為他們在西南海岸的一個貿易殖民地。荷蘭人占領臺灣的這一年，恰好也是鄭成功在日本出生的一年。

臺灣的荷蘭人同壟斷東南沿海海上貿易的鄭芝龍的關系一直不好，但同鄭成功的關系更加不好，因為鄭成功為了進行抗清的戰爭，經常幹擾貿易。當時東印度公司中已經有人擔心鄭成功在沿海遭受挫折後會占領臺灣。1652年，臺灣發生過一次反抗荷蘭人統治的起義，這次起義被荷蘭人認為是鄭成功派人煽動的。所以從那時起，荷蘭人對廈門周圍的每一次出征都很緊張，生怕鄭成功將入侵臺灣，特別是當他在南京失敗以後。當時，荷蘭在臺灣的兵力只有一千多名；但設在巴達維亞的東印度公司總部無意在臺灣投入更多的軍隊，也不大相信謠言，沒有采取步驟加強殖民地的防務。

公元1661年（順治十八年）二月初三日中午，兩萬五千名鄭家軍在金門島東向的料羅灣，登上了近四百艘戰船。晌午時分，旌旗飛揚的龐大船隊，乘風破浪駛向臺灣的中繼島，澎湖。次日，船隊來到了澎湖，泊峙內灣，鄭成功派出船只到大員附近海面偵查，並在澎湖整裝，等候順風出發。

二月初六夜，為了搶潮水，鄭成功決定冒險啟碇，在強風巨浪中向東南方航進。次日黎明，數百艘高掛著鄭字旗幟、漆著太陽與月亮並存的日月旗軍船，在蒙蒙霧中，悄悄來到鹿耳門外港，於北線尾島外的海邊下錨。

中午過後，鄭成功在船頭擺下香案，向天禱祝，祈求一戰成功。不久，鹿耳門水道開始潮漲，順風吹送下，船行如飛，戰船趁勢湧進鹿耳門水道，進入臺江內海。此時船隊已分成三批，一批留在北線尾外海原處，另二批陸續魚貫進入鹿耳門海口，散布在臺江南北兩面和熱蘭遮城、普羅民遮城之間。

傍晚，鄭軍水師沖過荷軍防線，先在赤嵌樓以北的禾寮港（約在今臺南市忠義路靠成功路附近）登陸，接著進占赤崁，直逼普羅民遮城。五月四日，普羅民遮城的荷蘭守將棄城投降，結束了這場“鹿耳門之戰”。短短五天，鄭軍便攻陷了戰力薄弱的普羅民遮城，迫使荷蘭人全數退守在隔著臺江水域、位在普羅民遮城對岸的熱蘭遮城，雙方開始了長期的對峙交戰。

次年二月一日，熱蘭遮城裏的荷蘭人終於不敵鄭成功軍隊的圍困夾攻，終於與鄭成功簽訂締和條約，歷時九個多月的鄭荷對峙交戰局面，最後在僅僅數天的締和過程中劃下句點。自此，鄭成功正式統治了臺灣。

鄭成功寫下這首《覆臺》詩：

〖開辟荊榛逐荷夷，十年始克覆先基；

田橫尚有三千客，茹苦間關不忍離。〗

三十八年前，公元1624年，荷蘭人在福建巡撫的默許下占領了臺灣，而這一年正是鄭成功在日本平戶出生的一年；沒想到三十八年後，鄭成功踏上臺灣這塊土地，驅逐了荷蘭人，開啟臺灣漢人社會的歷史新頁。

由於鄭成功的母親為日本肥前田川氏之女，過去，鄭成功一度被日本視為占有臺灣的幻想，而他趕走荷蘭人這段歷史，至今仍被視為日本的榮光。在日本的傳統戲劇中，有一出《國姓爺合戰》，講的就是鄭成功打敗荷蘭人那段歷史。而在中國歷史上，鄭成功是前明的忠臣，是清朝可畏的敵人，而在當代大陸與臺灣之間錯綜覆雜的政治關系下，鄭成功則被強調為“收覆臺灣”的民族英雄。

為了促進臺灣的開發，加強對部下的控制，鄭成功命令把將士和官員的家屬送來臺灣。“時東荒初辟，人不服水土，多死，又憚法嚴，皆遷延不行”。此時臺灣還處在開辟階段，條件非常艱苦，鄭成功急於求成，立令過嚴，在軍隊中特別是鎮守金門、廈門、南澳等大陸沿海島嶼的將士中引起了抵觸，人心不平，流言也隨之興起。有人流傳鎮守南澳的忠勇侯陳豹（即陳霸）因不願送家眷入臺，已同清朝建藩於廣東的平南王尚可喜暗中勾結。鄭成功沒有弄清真相，就輕率地下手諭給世子鄭經，命他帶領舟師去南澳平叛。陳豹無以自明，被迫率部卒乘船往虎門向清方投降。

鄭成功愈來愈不順心，他懲治部下的行為嚴厲到近乎瘋狂。

1661年（順治十八年）十月初三日，清廷見鄭成功毫無受撫之意，把拘禁中的鄭芝龍和他的兒子鄭世恩、鄭世蔭等全家十一口“照謀叛律族誅”。消息傳到臺灣，鄭成功深感悲痛，盡管他在給鄭芝龍的最後一封信中已經指出，由於他父親“自投虎口”，就必須承擔後果。他對此後果也早有思想準備，但父親和無辜的弟弟、侄兒滿門抄斬，畢竟不能無動於衷。

1662年四月，林英從雲南逃回，報告了永歷帝在緬甸被清軍俘虜，西南抗清武裝只剩下李定國率領的殘部退往邊境地區的消息。這意味著東、西遙相呼應的局勢已告結束，清廷將集中力量對付鄭軍。鄭成功利用永歷朝廷於西南牽制清軍相當一部分主力的算盤破滅了。他此時已經陷於進退失據的尷尬局面。這愈發導致鄭成功心理失去平衡、舉動乖張。

鄭成功心中郁積的憂悶終於因為一件極小的事情像火山一樣爆發了。

世子鄭經留鎮廈門，同四弟的奶媽陳氏通奸生了一個兒子，這類事情在豪門大家中並不罕見。開初，鄭經向父親報告侍妾生了個兒子，鄭成功因添孫高興，賞了一點銀物。不料，鄭經的妻子是原兵部尚書唐顯悅的孫女，雖“端莊靜正，而不相得”，意思是唐氏不討鄭經歡心。唐顯悅為孫女鳴不平，寫信給鄭成功，大加非難地說：“你兒子跟奶媽私通生了兒子，你不加責備，反而賞賜，像你這樣治家都不嚴的人，怎麽能治理一個國家呢？”

唐顯悅寫這封信純粹是為了發洩私憤，但此時鄭成功正因覆國無望而積憤於心，看了信後氣塞胸膛，立即下令處死鄭經、奶媽、孩子，甚至包括鄭成功自己的妻子董氏，因為她治家不嚴。守衛金門、廈門的將領接到命令後，大為震驚，力圖大事化小，為董氏和鄭經求情，提出只殺奶媽和孩子。但鄭成功不聽，還解下自己的佩劍讓人帶到金門，交相關將領執行。金門和廈門諸將只好聯合起來，抗拒鄭成功稀奇古怪的命令。

鄭成功見部下拒命，心中憤悶已極，五月初一日，他已感不適，仍每天登將臺手持望遠鏡眺望澎湖方向有沒有船來，直到初八日，完全絕望，氣噎而死，享年三十七歲。傳聞他死前已經精神錯亂。

福建廈門江口曾經有鄭氏廟，有人題詩說：“海山蒼莽水泱泱，二百年來舊戰場。賜姓延平有遺廟，草堂諸葛尚南陽。望斷燕雲十六州，書生涕淚海天愁。重瀛締造披榛昧，同抱東南半壁憂。扶襟海砦大王雄，富貴還鄉不負公。憑吊沛中諸父老，登臺如見舊歌風。”氣象沈郁，詞意悲壯，撫今懷古，不盡低徊矣。

此時世子鄭經還在廈門，鄭成功的五弟鄭襲想乘機繼承鄭成功的王位。鄭經率師先到金門，不知為了什麽原因，先殺了守將鄭泰。鄭泰正是極力替他向鄭成功求情的人，鄭經如此行事，未免讓人心寒。鄭泰的弟弟鄭鳴駿及諸宿將“皆懼”，先後投降了清方。

鄭經隨即以陳永華為咨議，參軍馮錫範為侍衛，大軍回師臺灣，為爭奪臺灣的最高權力跟親叔叔大打了一仗。鄭襲的軍隊潰敗，不過鄭經只殺了親叔叔的左右親信，未殺鄭襲。1681年，鄭經死，內部乖離。1683年，施瑯渡海入臺灣，鄭氏亡。

從1662年四月到六月，永歷帝朱由榔及其太子、鄭成功、李定國相繼離開人世，標志著南明覆興最後一線希望的徹底幻滅。在這以後，鄭經和堅持於夔東的抗清武裝雖然仍以永歷紀年，但“明”作為覆興的號召，已完全失去力量，它只使人想起過去的偉大。

張煌言在浙江福建沿海的反清活動也告失敗。在永歷朝廷覆滅以後，張煌言力主擁立魯監國為帝，但是自從鄭經掌權以後，魯監國的“宗祿”被停發，日常生活都不能保證，還談什麽即位做皇帝。魯監國日益病重，於1662年十一月“中痰”去世，死於氣喘病。魯監國死後，張煌言完全絕望，天下俱是如此，只能有所為有所不為了，不久後他就解散了軍隊，自己隱居了起來。

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