千年前，醫祖扁鵲將記載驚世醫術的秘笈《禁方》傳於弟子，溘然長逝。其弟子創立神醫門，修建古城，將《禁方》深藏其中，世代守護，再不外傳。
數十年前，侵華日軍占領古城，挾持神醫門，瘋狂尋找《禁方》，卻喪生詭秘地穴。
如今，遺失數十年的神醫門古畫再現拍賣行，買家卻突然頭插三根銀針，留下血符，離奇死亡。
失蹤的童年摯友、沒有死因的女屍、隱藏秘笈線索的古畫、被燒毀的千本醫書、走不出去的地下洞穴、神秘的日本制藥集團……一切的一切，似乎正像巨大的漩渦，逼迫神醫門後人子琦挖掘出古城中塵封千年的秘密，並在下一個死者出現之前，阻止這場腥風血雨的陰謀。
而歷盡艱辛、終於領悟“預斷生死”之術的子琦卻發現《禁方》的真面目竟然是……