本作為《數碼獸狩獵者》的續作，主角是以米娜為主。
在凱伊等人打敗奧古杜獸，數碼世界和人類世界總算恢覆和平，而回到人類世界的大家也再次過上平靜的生活。可直到一年以後，新的危機再次出現！但這次的敵人卻是自稱來自異世界，曾在遠古時期被還未墮落的光明獸囚禁在黑暗區域的‘不死之王’！‘不死之王’為了實現自己的野心，想讓‘禁忌之器’降臨世間！
然而‘禁忌之器’需要合適的人類容器，而米娜是最佳的首選。而作為‘容器’的米娜，被‘不死之王’的部下帶到黑暗區域！為了救出米娜萊德等人和吸血魔獸，也分別在不同的‘指引者’傳送至黑暗區域。
面對未知的可怕敵人，大家該何去何從？