柯南與黑組織的較量一直都在持續著。只因為一個裝有**器的口香糖，柯南再一次與他們有了交集。三份寄給工藤新一的匿名信分別被小蘭、服部、快鬥收到了，這封信逼得柯南不得不離開小蘭和大家，他決定孤軍奮戰。一棟房子的焚燒，讓柯南看到了和灰原一樣的一個灰原，不得已只能與趕來東京幫忙的服部合作。灰原被抓，小蘭愛上了別人，柯南陷入困境，必須以新一的身份出現。