●1999年12月31日【陽極、陰極訓練師】

在太一等七個孩子擊敗極惡魔王的不久後，還殘存的無限龍獸（機械邪龍獸）和基米拉獸融合，產生了具有時空操作能力的強大數碼獸——千年獸。被選召的8個孩子被緊閉在異空間之中（當時打極惡魔王時的空間），過去的敵人全部覆活，亞古獸逃過一劫，向年終的夜晚裏在聊天室聊天的秋山遼求救，秋山遼的數碼世界冒險之鐘在這一刻被敲響。最後，秋山遼拯救了八個孩子與七個數碼獸，也打倒了千年獸。

●2000年4月19日【標簽訓練師們】

大難不死的千年獸利用不久前被奧米加獸殲滅的超惡魔獸設計陷阱，因為好友一乘寺賢的電腦裏出現奇怪的東西，而前來查看的秋山遼，突然看到出現的D-3暴龍機，與小賢一同被召喚到數碼世界，然後中了千年獸的陷阱，落入鏡面世界之中。為了恢覆變成許多個鏡面世界的數碼世界並打倒千年獸，秋山遼與V仔獸組成拍檔，一乘寺賢和偶然相遇的蟲蟲獸組成拍檔，在分別的世界中展開冒險。最後，為了保護秋山遼，小賢被千年獸的邪神之爪擊中，在這時候被埋了黑暗種子（倒不如說是千年獸的資料）。

●2000年4月20日【D-1訓練師們】

因為拍檔數碼獸事件而療傷中的小賢，無意中找到了一個奇怪的網頁，來探病的秋山遼將網頁上的奇怪問題全回答後，又被召喚到了數碼世界。這次是四聖獸的爭鬥，召喚各地的訓練師們互相對戰的D-1大賽（結果賽程上對打的全部都是熟人），而且也再次與宿敵千年獸對持。雖然又一次擊敗了千年獸，卻受到最後爆炸的卷入，秋山遼從現實世界和數碼世界中消失。

●2000年4月23日【勇敢的訓練師】

這次的舞臺是數碼世界的起源-過去的世界。被卷入爆炸而失去記憶，飛往過去的世界的秋山遼，在核心電腦電子數字積分計算機的指示下和角龍獸組成拍檔並藉著電子數字積分計算機的力量飛往過去數碼寶貝1（太一等人冒險的時候）、未來（數碼寶貝2）、異世界（數碼寶貝3）等平行世界中各地的數碼寶貝協力。阻止同樣是因爆炸而飛往未來世界，還進化成最終千年獸的侵略，守護數碼世界的歷史，最後，終於四度擊敗千年獸，並將千年獸與角龍獸強制融合，進行了數據的混亂，千年獸因此引爆並消滅，為這長久的宿敵之戰打下了終止符。

這之後就是02的劇情

●2002年2月10日【當黑暗種子發揮作用之時】

2年後，小賢升為小學五年級，變成了通曉8國語言，小學5年級就有超高的電腦操作技術，在各方面都表現傑出的天才少年。在與秋山遼的大冒險之後，被黑暗種子附身的小賢，在哥哥死後進入數碼世界的黑暗之海把數碼機染黑並升級成第一臺D-3。

因被植入黑暗種子，引發黑暗面（可以說是另一人格的暴龍改造者（一乘寺賢）當上了數碼皇帝（他變成暴龍改造者是因為收到及川悠紀夫（即變種吸血魔獸）的一封電郵而變成的） ，大肆破壞數碼世界，捕獵數碼獸並加以改造成無敵的數碼獸，綁架太一的亞古獸並用黑暗魔環套入亞古獸的脖子，並要求其進化成機械暴龍獸，誰知道卻進化成喪屍暴龍獸，其後喪屍暴龍獸因為沒有力量的關系退化成亞古獸，暴龍改造者把新的邪惡螺旋環安在亞古獸身上，其進化成病毒型的機械暴龍獸。機械暴龍獸攻擊新的被選中的孩子、太一及阿和。其後在與大輔的戰鬥中大輔亦找到了屬於友誼的裝甲，v仔獸裝甲進化終於成雷龍獸，並與加魯魯獸合力把黑暗螺旋環破壞，令亞古獸變回正常狀態。基米拉獸是暴龍改造者集合了比多獸的頭部，天使獸和飛龍獸的翅膀，惡魔獸、喪屍暴龍獸和古加獸的爪，角龍獸的尾巴，加魯魯獸的雙腿，更有暴龍獸的身體和機械暴龍獸的頭發而融合成的數碼獸，它理論上不能征服，走來走去破壞數碼世界。他的攻擊是如此的有力以致於即使和它察肩而過時，也會受到傷害。後來蟲蟲獸犧牲了自己，讓金甲龍獸消滅了它。（最後，發生了幾年前的事情：它神秘地跨越了時空，在1999年和逃走的殘存的四天王--機械邪龍獸合體，進化成了千年獸……但千年獸後來被秋山遼消滅，死前放出無數黑暗種子，打中了小賢，使他後來成為了暴龍改造者，千年獸自己雖然死去，它的靈魂卻未消失，進化成月之千年獸，繼續和秋山遼戰鬥，給他制造麻煩……從時空角度來看，小賢被植入黑暗種子、成為暴龍改造者並造出基米拉獸或許是一種必然）後來蟲蟲獸的死令暴龍改造者恢覆成一乘寺賢

作者有話要說：

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