數碼寶貝世界又一次恢覆了和平後，孩子們因為夢想的力量讓數碼世界的大門得以為他們所敞開。
而失去了搭檔的皮皮獸，終日沈浸在孤獨和悲傷之中。
透過屏幕，那位天才科學家將一切收入眼底。
某一天，一個古怪的男人聲稱他的兒子仰慕被選召的孩子們，把他的兒子——新誠棹志帶到了他們面前。
孩子們好奇地看著這個十六歲，腿腳不便，身患怪病的害羞男孩，以及他所看護的數碼寶貝皮皮獸。
等待棹志的究竟是光明的未來，還是無盡的惡夢？