康熙二十年（1681年），鄭經中風而死，明鄭發生政變，年僅12歲的鄭克塽繼任延平王，大權實際上為馮錫範、劉國軒掌握，鄭氏官員向心力開始動搖，負責與清朝談和的傅為霖甚至願當內應。福建總督姚啟聖認為是進攻臺灣的好時機，向康熙帝推薦施瑯。

康熙二十二年（1683年），康熙以施瑯為福建水師提督，出兵攻臺，在澎湖大敗劉國軒所率領的鄭氏海軍，隨後明鄭納土歸降。康熙二十三年（1684年），清政府在臺灣設一府（臺灣府）三縣，即臺灣縣（今臺南）、鳳山縣（今高雄）、諸羅縣（今嘉義），隸福建省，並在臺灣設巡道一員，總兵官一員，副將二員，兵八千。在澎湖設副將一員，兵二千。從而加強了中央對臺灣的管轄，促進了臺灣經濟文化的發展。

清軍入關後，沙俄遠征軍曾多次入侵黑龍江流域，燒殺搶劫，四處蠶食。康熙二十二年（1683年）九月，清廷勒令盤踞在雅克薩等地的沙俄侵略軍撤離清領土。沙俄軍不予理睬，反而率兵竄至愛琿劫掠，清將薩布素將其擊敗，並將黑龍江下游沙俄軍建立的據點均予焚毀，使雅克薩成為孤城。

但沙俄軍負隅頑抗。康熙二十四年（1685年）正月二十三日，為了徹底消除沙俄侵略，康熙帝命都統彭春赴愛琿，數日攻克雅克薩城，即行回師，留部分兵力駐守愛琿，另派兵在愛琿、墨爾根（今黑龍江嫩江）屯田，加強黑龍江一帶防務。

康熙二十四年（1685年）秋，沙俄卷土重來，再次占領雅克薩城。俄軍這一背信棄義的行為引起清政府的極大憤慨。次年初，康熙接到奏報，即下令反擊。康熙二十五年（1686年）七月二十四日，清軍2000多人進抵雅克薩城下，將城圍困起來，勒令沙俄侵略軍投降。托爾布津不理。八月，清軍開始攻城，托爾布津中彈身亡，改由杯敦代行指揮，繼續頑抗。

八月二十五日，清軍考慮到沙俄侵略者死守雅克薩，必待援兵，且考慮隆冬冰合後，艦船行動、馬匹糧秣等不便，於是在雅克薩城的南、北、東三面掘壕圍困，在城西河上派戰艦巡邏，切斷守敵外援。侵略軍被圍困，戰死病死很多，826名俄軍，最後只剩66人。雅克薩城旦夕可下，俄國攝政王索菲亞公主急忙向清廷請求撤圍，遣使議定邊界。清廷答應所請，準許沙俄軍殘部撤往尼布楚。

雅克薩之戰結束後，雙方於康熙二十八年（1689年）七月二十四日締結了《尼布楚條約》，規定以額爾古納河-格爾必齊河-外興安嶺為中俄兩國東段邊界，黑龍江以北，外興安嶺以南和烏蘇裏江以東地區均為清朝領土。

清初，西北方居住的蒙古分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內部又分為紮薩克圖、土謝圖、車臣等三部，漠西厄魯特蒙古內部又分為準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關之前，漠南蒙古就已歸附大清，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關系密切。

康熙年間，準噶爾在領袖噶爾丹的統治下，勢力強盛。

康熙二十六年（1687年）底，沙俄參加中俄邊界談判的全權代表戈洛文，在伊爾庫茨克專門接見了噶爾丹的代表，策動噶爾丹進攻喀爾喀蒙古，噶爾丹本來就與喀爾喀三部中的土謝圖汗部有矛盾，遂掀起對喀爾喀的戰爭。

清初，黃河多次泛濫成災，在河南、安徽一帶經常決口，後來竟改道與淮河合流，從今天的蘇北地區入海，既影響了漕運，又使許多良田成了沙洲，嚴重威脅著國庫收入和人民生活。對此，康熙帝曾把“三藩、河務、漕運”作為其時三件大事，並親自書寫成條幅，懸掛於宮中大柱上。他選派靳輔為河道總督，又對治河專家陳湟，委以重任。經過十年（1677年—1687年）的辛苦經營，終於使黃河、淮河各歸故道。

康熙二十七年（1688年），噶爾丹親率騎兵三萬自伊犁東進，越過杭愛山，進攻喀爾喀，很快占領整個喀爾喀地區。土謝圖汗察琿多爾濟與哲布尊丹巴一世決定投清，於是喀爾喀三部數十萬分路南奔，逃往漠南烏珠穆沁一帶，向清廷告急，請求保護。

康熙一面把他們安置在科爾沁放牧，一面責令噶爾丹罷兵西歸。但噶爾丹氣焰囂張，置之不理，反而率兵乘勢南下，深入烏珠穆沁境內。對於噶爾丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵馬，嚴行防堵，一面調兵遣將，準備北上迎擊，先後在烏蘭布通和昭莫多大破準噶爾。康熙三十六年（1698年）二月，康熙鑒於噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹在眾叛親離的情況下死去。至此康熙時期討伐噶爾丹之戰始告結束，漠北喀爾喀地區納入清朝版圖。

噶爾丹死後，策妄阿拉布坦便成為準噶爾部的統治者。隨著他的統治地位的鞏固和地盤的不斷擴大，又萌生向東擴張的野心。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據守的科布多、巴裏坤、哈密等軍事重鎮，並派兵侵入西藏。由於康熙及時派兵進藏協同藏軍圍剿，才將準噶爾勢力趕出西藏。

永定河原名渾河，又稱“小黃河”，在流經北京附近時，常常淤塞成災。康熙三十七年（1698年），清政府招募了十幾萬民夫，在蘆溝橋附近的良鄉到東安，開掘了一條200裏長的新河道，使原來的斥鹵之地，成為膏腴良田。康熙曾親自視察，並將渾河改名為“永定河”，賦予永遠安定之義。

康熙十四年（1675年），康熙立時年兩歲的二阿哥胤礽為皇太子，日後皇太子變得驕縱與蠻橫並結黨營私。康熙四十二年（1703年）康熙殺索額圖，父子關系趨於緊張。康熙四十七年（1708年），在木蘭圍場的布爾哈蘇行宮，康熙皇帝以皇太子胤礽“不法祖德，不遵朕訓，惟肆惡虐眾，暴戾yin亂”的理由，宣布廢除太子。之後眾多阿哥開始了對於皇位的覬覦。

大阿哥胤褆是庶長子，一向不被康熙喜歡，自知無望，向康熙提議立八阿哥胤禩，理由是“術士張明德嘗相允祀必大貴”，又說要替父殺掉胤礽，讓康熙極為寒心，嚴加訓斥，同時對胤禩嚴加提防。這時三阿哥胤祉揭發大阿哥搞魘鎮加害胤礽之事，康熙將大阿哥囚禁。康熙厭惡胤禩勾結胤褆，也將其關押，後又釋放。

康熙四十八年（1709年）三月，恢覆胤礽太子地位。

康熙五十年（1711年）末被告與刑部尚書齊世武、步軍統領托合齊、兵部尚書耿額結黨營私。康熙五十一年（1712年）九月再次下詔廢太子。從此廢太子一直被圈禁到死。三阿哥胤祉見此亂局，主動退出競爭。

胤礽再度被廢後，八阿哥胤禩轉而支持十四阿哥胤禎（四阿哥同母弟，後改名允禵），九阿哥胤禟、十阿哥胤俄附庸八阿哥。十三阿哥胤祥附庸四阿哥胤禛。胤禛在太子首次被廢後，敢於為胤礽說好話，屬太子黨。胤礽二度被廢之後，胤禛看到胤礽絕無覆立之可能，開始結黨營私，窺視儲位。這時形成了以胤禛為首的四爺黨和以胤禩為首的八爺黨兩大勢力。

康熙對西方文化感興趣，向來華傳教士學習代數、幾何、天文、醫學等方面的知識，並頗有著述。有學者指出，有才華的傳教士被皇帝欣賞和重用，西方先進的科學技術也被推崇和應用。而在民間，民人與西方傳教士能夠互相交游，西學在社會中得以自由傳播，亦指出分別由康乾敕輯的叢書——《古今圖書集成》和《四庫全書》亦收錄了傳入中國的西方科學技術。

康熙除了學習西方科技之外還會應用實踐，其最突出的成就，就是在發現原來的地圖繪制方法相對落後之後，用科學方法和西方儀器繪制全國地圖。康熙亦會利用巡行和出兵之便，實地測量，吸取經驗。在康熙四十六年（1707年）委任耶穌會士雷孝思、白晉、社德美及中國學者何國楝、明安圖等人走遍各省，運用當時最先進的經緯圖法、三角測量法、梯形投影技術等在全國大規模實地測量，並於康熙五十七年（1718年）繪制成《康熙皇輿全覽圖》，其作被稱為在當時世界地理學的最高成就，英國李約瑟亦稱之為不但是亞洲當時所有的地圖中最好的一幅，而且比當時的所有歐洲地圖都要好、更精確。

康熙六十一年十一月十三日（1722年12月20日），康熙帝玄燁崩於北京暢春園清溪書屋，終年69歲。在位61年零10月。當時八爺黨支持的十四阿哥胤禎遠在西北，四阿哥胤禛留京。康熙近臣步軍統領隆科多宣布康熙遺囑，命胤禛繼承皇位，是為雍正皇帝，為康熙帝上廟號聖祖，謚號合天弘運文武睿哲恭儉寬裕孝敬誠信功德大成仁皇帝，葬於景陵。

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