帖木兒帝國滅亡後，巴布爾自從被驅逐河中之後，翻山越嶺進入阿富汗，奪取喀布爾，在喀布爾建立了一個小王朝，他率領伊斯邁爾借給他的軍隊匆忙趕回河中，勝利地進入了撒馬爾罕城（1511年10月）。繼撒馬爾罕之後，布哈拉又向他敞開了大門，而蒙古烏茲別克人退到塔什幹。巴布爾又去占領塔什幹，成為塔什幹和中亞的統治者。

以伊朗人在呼羅珊的勝利為支柱，帖木兒王朝在河中的覆辟似乎是完成了。但是，巴布爾開始碰到了意想不到的困難。他曾求助過的、並接受其宗主權的波斯人是十葉派***。布哈拉和撒馬爾罕居民信奉的是遜尼派，他們斥責他與異端邪說者談判，並與他斷絕關系，他們的宗教熱情比他們對帖木兒朝諸王的忠誠更加強烈。

由於受到這些宗教騷亂的鼓動，烏茲別克人又卷土重來。波斯將軍納吉姆·沙尼和巴布爾在布哈拉以北的加賈灣發生的一場大戰中與他們交鋒，這次被他們打敗了（1512年12月12日），納吉姆被殺。巴布爾放棄了對河中的所有企圖，退回到他的喀布爾王國，七年以後，他從喀布爾出發，前往征服印度。於是，布哈拉、撒馬爾罕和整個河中地區又轉到蒙古烏茲別克人手中。

巴布爾曾嘗試在中亞擴展自己的疆土，受挫後就把目光投向南方人心渙散、四分五裂的德裏蘇丹國。恰在這時巴布爾有了一個方便的借口：旁遮普省總督邀請他出兵把他從其領主蘇丹的手中“解救”出來。於是，他向南方進行了“聖戰”。印度的德裏蘇丹國遭受嚴重的打擊，名存實亡，北部印度陷於分裂狀態。

1510年時，蒙古貴族巴布爾就已經統治著印度北部。1525年，巴布爾南下進攻印度，次年攻占德裏，屢敗印度諸侯聯軍，征服北印度大部分地區，建立莫臥兒帝國。可見莫臥兒帝國最初是外族在印度建立的政權。從此，印度的不同教派，分散的村社走上了民族統一的道路，成為當時世界上最富有、最強大的國家之一。

巴布爾開始轉戰於整個印度次大陸，在很短的時間裏，就占領了大半個印度半島。他采用“以印治印”的手法，把印度半島北部尚未征服的地盤劃分給每一個印度的封建主，不管他們采用什麽方法，只要管理那就是他們的領地。不久，印度北部就基本統一了。1527年春天，巴布爾與拉那·桑伽兩軍交火。經過十分激烈的拼殺，拉那·桑伽身受重傷，身上又添13處傷，全身受傷總數突破百塊大關。盡管如此，拉其普特人最終還是被巴布爾打敗了。

1528年，馬茂德召集10萬阿富汗聯軍於比哈爾，準備與巴布爾爭一雌雄。在恒河與哥橋拉河交匯處，兩軍擺開戰場。巴布爾親自指揮蒙古人在強大炮火掩護下強渡哥橋拉河，分兵夾擊敵軍。兩軍相遇勇者勝，阿富汗人全線崩潰，馬茂德逃亡孟加拉。這一仗成了巴布爾一生中征戰之絕筆。1530年12月26日，巴布爾英年早逝，年僅48歲。著有《巴布爾回憶錄》。巴布爾在一生的征戰中，占領了東起哥橋拉河，西至阿姆河，南起瓜廖爾，北至喜馬拉雅山脈的大片領土。

1530年，巴布爾因病去世後，其子胡馬雍繼承皇位。企圖以察合臺的突厥人、蒙古人、波斯人、阿富汗人和印度人組成的混合軍隊，征服全印度，以實現父親的遺願。其三位異母兄弟卡姆蘭、欣達勒和阿斯卡裏出兵攻擊他，與他爭奪王位。分散在各地的許多阿富汗貴族紛紛起兵反叛。

1539年，起兵謀反的東部阿富汗王公舍爾沙，在喬沙戰役中胡馬雍全軍覆沒，本人逃走。舍爾沙占領德裏，建立了蘇爾王朝。不但把領土擴展到孟加拉、比哈爾和馬拉佤邦，而且在政治、社會和經濟上多有建樹。他實行開明政治，對印度教采取寬容政策；它建立了有效力的君主集權制，執法公正；他改革稅制，計田優劣征收，發行銀盧比；興修道路，設立驛站，聯系首都阿拉格與孟加拉、拉齊普坦等地的“大幹道”至今仍是印度的主要幹道之一。他的田賦改革是以後阿克巴改革的藍本。

1545年舍爾沙在戰爭中被炸死。1555年，胡馬雍重征印度平原，占領德裏和阿格拉，恢覆了莫臥兒帝國在印度的統治。在流亡伊朗期間，他進一步受到伊朗文化的影響，由遜尼派信徒改奉什葉派，並帶回了對莫臥兒帝國有深遠影響的伊朗文化。

在伊朗的幫助下，1556年，阿克巴繼位，實行了進步的內政改革，采取寬容的宗教政策，擴大了莫臥兒帝國統治印度的社會、政治基礎。他建立中央集權制，開疆拓土，統一了次大陸廣大地區，推動了印度社會經濟的向前發展。將全國劃分為若幹伊克塔（省），下設47個薩卡爾（行政區），薩卡爾又劃分為帕爾加納，各設阿明（法官）、希克達爾（稅務官）、司庫、文書等地方官吏。為了防止任何腐敗行為，規定按時向官員支付薪俸，官員每隔2-3年調動一次。但是之後不久自圖書館失足而死。

1556年，胡馬雍重登帝位六個月後逝世。2月，在巴伊拉姆汗的幫助下，年僅十三歲的阿克巴繼承了帝位。阿克巴幼時未受到良好的教育，他在將軍巴伊拉姆汗的輔佐下，開始治理莫臥兒帝國。他剛繼位時，莫臥兒帝國的領土很小，首都德裏被阿富汗貴族希姆占領。希姆聚集起十萬軍隊想一舉消滅莫臥兒人。而阿克巴的軍隊總共只有兩萬人。一些大臣勸阿克巴退出印度，回喀布爾休養生息。但巴伊拉姆汗將軍力排眾議，提議調動一切力量與希姆決戰。阿克巴采納了這建議。決戰的地點，是德裏以北的帕尼帕特，三十年前阿克巴的祖父巴布爾取得重大勝利的地方。

阿克巴18歲時，他奪回大權，命令他的舅父到聖地麥加退隱。阿克巴終於自己獨力執政了。阿克巴擺脫左右羈絆後，便開始擴張領土的征討，他對不同的地區采用不同的政策。對表示願意歸順的地區，他仍讓原來的頭領管理土地，並對他的子孫委以重任。

1567年，阿克巴攻打梅瓦爾，用了4個月的時間攻下，屠殺了3萬人，並把作為王國象征的大銅鼓和母神座上的大燭臺拆下，當做自己的戰利品。阿克巴用武力和懷柔的手段，15年的時間裏統一了北印度。他又用16年時間把版圖擴大到遙遠的西北地方。最後，他又用了3年的時間，平定了南方的幾個王國，從而建立了一個強大的莫臥兒帝國。

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