317年西晉滅亡後，司馬睿在建康重建晉朝，謚號為晉元帝，史稱東晉。但晉廷穩定後大量引用僑姓世族（原北方世族），壓抑江東世族。然而，由於僑姓世族持續侵犯江南經濟並打壓南方世族入仕朝廷，使得僑吳世族在政治及經濟上的沖突仍在。加上世族對寒族歧視、與朝廷分庭抗禮；中央與方鎮對立及野心家的崛起，使得東晉一朝未能統一中國。

晉元帝司馬睿原屬於東海王越一黨，鎮下邳。當時江東少受中原戰亂影響，晉元帝渡江後倚重王氏，信任王導、王敦，時稱“王與馬，共天下”。吳姓世族以義興周氏及吳興沈氏並為江東二豪，吳郡朱、張、顧、陸四氏居次。303年、305年及310年間江南發生三次叛亂，皆由義興周氏的周玘和顧榮、賀循、紀瞻、甘卓等平定，使江南得以穩定，史稱三定江南。

307年八王之亂後，司馬睿聽從王導建議遷鎮到建康。南遷後王導以“鎮之以靜，群情自安”政策穩定政權，他藉由當地名士顧榮、賀偱、紀瞻為引，進而獲得吳姓世族的擁護。而後大量北方世族及皇族衣冠南渡，在王導號召下共同支持司馬睿，使得江南諸州次第歸附，晉懷帝蒙難司馬睿被天下推舉為盟主，不久被晉湣帝任命為丞相，

東晉統治階級主要由世族掌權，由於軍權外重內輕，不少方鎮心懷野心，造成如王敦之亂、蘇峻、祖約之亂及桓溫專政。此時雖然陸續有北伐以收覆失土，因為內部矛盾而始終未能重建鞏固的全國統一政權。383年前秦出動舉國之師，意圖滅亡東晉。面對亡國之禍，東晉君臣一心，這是成立以來最團結的一次。淝水決戰後前秦崩解，謝安、謝玄等人成功的收覆大批失土。然而，後期又發生朋黨相爭及桓玄篡位。由於平民負擔沈重，又發生孫恩、盧循之亂。譙縱亦據蜀地自立。最後劉裕崛起，平定諸亂，並奪得皇位，進入了南北朝時期。

東晉初期，王導等人采取鎮之以靜策略，以穩定局勢。東晉的莊園經濟的程度比西晉更重。由於農業技術提升等因素，在僑姓世族與吳姓世族密集開發下，江南獲得全面開發而繁榮興盛，中國的經濟中心也逐漸南移，使得後來有大運河的出現。此外，在手工業和商業方面也有長足進步。

因為北方外患威脅仍在，東晉朝廷賴世族及方鎮的支持以穩定局勢，這使得不少士族掌握強大的武裝形成割據。王敦素來桀傲，有意控制朝廷，晉元帝為了抑制王氏權勢，以劉隗、刁協、戴淵等人牽制，並防禦王敦，削弱其兵權。王敦利用祖逖去世、京城防禦不足，於322年發兵，攻陷建康。刁協等人被殺，史稱王敦之亂。晉元帝憂憤而死，太子紹繼位，是為晉明帝。當時王敦欲專權，移鎮姑孰（今安徽當塗縣），但於324年病危。晉明帝下令討伐，平亂成功，由於王導未附逆，所以王氏仍受晉室重用。

325年晉明帝去世，太子衍繼立，是為晉成帝。由王導及外戚庾亮輔政。當時軍事重鎮分由陶侃鎮守荊襄地區及由蘇峻及祖約等鎮守淮南地區。陶侃懷疑因為庾亮的幹預，使得未能輔政而感到不滿。庾亮為了提防陶侃，任溫嶠鎮守武昌。由於蘇峻及祖約對庾亮鞏固中央的政策感到不滿，於327年反叛。次年蘇祖聯軍攻陷京師，脅持晉成帝，庾亮逃至尋陽（今江西九江市），史稱蘇峻之亂。此時陶侃觀望，經溫嶠力勸之下決定討伐蘇峻。蘇峻迎戰陣亡，329年陶溫聯軍收覆京師，平亂成功。事後庾亮請罪，外調鎮蕪湖，朝廷由王導執政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遙控朝廷，與王導交惡。339年後王導與庾亮先後去世，由庾翼執政，掌握荊州軍權。

在東晉成立後，南遷的晉人莫不希望發動北伐，收覆在北方淪陷的家園。但由於世族已安居江南，南方豐富的資產使得重返北方的意願不高。但是東晉建立後，依然進行了多次的北伐。東晉初期，朝廷采取以攻為守態度抵禦北方。317年祖逖意圖北伐，晉元帝給予充分支持，不僅從庫存數千匹布帛中取出三千匹支援，晉元帝命祖逖相機收覆中原。他招募流民建立軍隊北上，晉元帝還先後派自己的次子和司馬飏出兵配合祖逖，並與當地塢堡合作，最後成功收覆黃河以南領土，與石勒隔河相持。

但由於東晉發生內亂，朝廷於321年派戴淵為征西將軍，都督各軍守壽陽，鎮西將軍祖逖不願隸屬其下，修武牢沿黃河防禦，又得知朝廷內部王敦和劉隗矛盾重重，憂憤而死。王敦因為祖逖去世而不必顧慮遂叛變。祖逖軍由其弟祖約率之，最後也隨蘇峻叛變。由於晉朝內部矛盾，失地得而覆失。晉成帝時則由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他們以荊州為中心，意圖發動北伐。但是因被抵制，所以沒有實現統一。庾氏兄弟相繼去世後，朝廷先後由褚裒、殷浩、謝尚、桓溫、司馬勳等多次北伐。

346年晉穆帝時，桓溫、周撫、司馬無忌、毛穆之、袁喬等討伐成漢，次年討滅。349年石虎死，晉廷派褚裒北伐，失敗。桓溫多次破壞北伐，在褚裒北伐失敗後引軍東下武昌與殷浩爭權。晉廷不許，改以殷浩、司馬勳、謝尚負責北伐。352年殷浩聯合羌將姚襄北伐前秦，被苻健擊敗。次年殷浩再度北伐，為姚襄所襲，殷浩被桓溫彈劾罷免。

354年桓溫伐前秦，但由於苻健采堅壁清野戰術，桓溫又態度消極不進，最後晉軍缺糧而撤退。356年，桓溫討伐河南姚襄，擊潰之並攻占洛陽，修謁皇陵。358年桓溫不顧朝廷要求其駐守經營洛陽，僅留毛穆之三千人守洛陽，自行南撤。等到晉哀帝及晉廢帝（即司馬奕）相繼為帝之後，桓溫已經控制兵權。

當時北方呈現前秦、前燕代涼割據的局勢，洛陽為前燕占領。桓溫為了準備專權，於369年討伐前燕。當時燕軍大敗，晉軍進駐枋頭（今河南浚縣附近）與燕將慕容垂對峙。最後晉軍缺糧而退，慕容垂率軍追殺，晉軍大敗。

371年桓溫廢晉帝司馬奕為東海王，改立司馬昱為簡文帝。隔年簡文帝去世，晉孝武帝繼位，373年桓溫要求“九錫”，大臣謝安、王坦之拖延該事，不久桓溫病死，東晉暫時中止了北伐。

淝水之戰前夕，前秦東晉對峙圖晉孝武帝時，謝安執政，桓沖為荊州刺史，防禦荊襄地區；謝玄鎮廣陵，與謝安防禦淮南地區。為了加強中央軍力，晉孝武帝令謝玄招募淮南江北百姓，成立北府軍。

370年前秦滅掉前燕後，前秦帝苻堅即有意滅東晉以統一天下。373年攻下東晉梁益二州。378年派苻丕圍攻襄陽，朱序堅守，於隔年攻破，俘虜了朱序；又派彭超圍攻彭城，卻被謝玄率北府兵擊敗。382年呂光平定西域後，苻堅的目標指向東晉。次年5月桓沖率10萬軍，意圖奪回襄陽，苻堅派苻睿、慕容垂等人防禦。8月苻堅認為時機已到，率舉國之師南征東晉，兵分三路，聲勢浩大。他親率步兵60萬抵達項城，派苻融為先鋒率27萬兵攻打壽陽，梁成等人屯洛澗以控制淮河。晉廷震驚，謝安力持鎮定，命謝石為前線大都督、謝玄為先鋒，與謝琰、桓伊等人率8萬北府兵北上救援。

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