就在教會受逼迫的年代，異端依然繼續。除了伊便尼派和割禮派以外144年，錫諾普船主馬西昂受基督教諾斯替派影響，自行創立的教會。該派認為猶太教的上帝同基督教的上帝不是同一位神，前者是“公義的上帝”，或稱義神，後者是“善良的上帝”，或稱善神。義神創造了不完善的世界，把以色列民族作為選民並賜予《舊約》，只能以律法約束人而不能拯救人。善神憐愛世人，以人的形象來到世間，救贖人類。善神高於義神並結束了義神的權能。在基督論方面，該派主張幻影說，認為基督在世時並無真實的身體，耶穌非由義神所造之人所生，故無父母亦無童年。基督宣講廢除律法，實施拯救的福音，但十二使徒未能正確理解，唯有後被選召的保羅接受了福音真諦。該派不信肉身覆活，不為過婚配生活者施洗，擯棄全部舊約，對《新約》只承認《路加福音》（除耶穌誕生及其家譜部分）與《保羅書信》10卷（不含《教牧書信》）。曾盛行於意大利、突尼斯、埃及和地中海東部地區。3世紀衰落，7～8世紀間消失。

小亞細亞弗裏吉亞的孟他努創立。172年，孟他努自稱得到聖靈啟示，能“魂游象外”，傳述上帝話語。他認為在基督啟示之外還需聖靈補充；世界末日已近，基督即將再臨，並在世上建立千年王國。他反對教會世俗化，堅持嚴格虔修，嚴守齋戒；主張信徒配偶死後不應再婚；認為領洗後所犯之罪不得赦免，否認教會有赦罪權。其理論曾受德爾圖良讚許，在農民中傳播甚廣，曾傳至北非、意大利、法國等地。兩任羅馬主教判其為異端，並遭羅馬帝國鎮壓，信徒被誣為盜匪，被處極刑（該派反對躲避迫害）。在下層人民中影響很深。9世紀後逐漸消失。但他們禁欲和苦修的主張在修道院得到了發揚。

在此期間各地還先後出現一些異端派別。①反邏各斯派。該派否認《約翰福音》關於“邏各斯取肉身降世為人”之說。②曼達派。只奉施洗約翰為真先知，吸取摩尼教和古代巴比倫宗教教義成分，認為靈魂終將從肉身得到解脫，以一位類似基督的曼達（意為人格化的生命知識）為救贖者。③亞當派。主張恢覆亞當犯罪前所處的無罪境地，舉行禮拜時完全赤身，認為應當取消婚姻，以免原罪遺傳。④厄勒克塞派。屬猶太派基督徒，以《厄勒克塞書》為經典，相信輪回，遵守律法，認為上帝之子是一位天使。⑤神格唯一論派。反對三位一體論，認為上帝只有一個位格，而不能有三個位格。其主要代表是撒伯裏烏，他約於215年在羅馬傳教，主張上帝只有一位，聖父、聖子、聖靈是同一位上帝的三種不同表現形態，其間並無實質區別，只有對於人的不同關系，猶如人具有靈、魂、體三個方面，太陽：有天體、光源、熱源三個方面一樣。他被羅馬主教加裏斯圖開除出教，其追隨者形成撒伯裏烏派（又稱形相派或模態派），得到安提阿主教薩莫薩特支持，4～5世紀繼續流傳於小亞細亞一帶。神格唯一論對後來的一位論學說具有重大影響。

三世紀時還有與幻影論相對立的嗣子論，後者否認基督的神性，認為他因遵從上帝，為人贖罪而舍身受死，故得上帝納為嗣子。同時，在教政問題上，意大利神學家諾瓦替安反對羅馬主教科納裏允許叛教者重新入教，被擁立為第一個“對立教皇”，後雖被革除教籍並判為異端，但其支持者組成諾瓦提安派，仍反對羅馬教會恢覆叛教者的教籍，認為叛教罪無法赦免，補贖亦不生效。該派6世紀時消失。

阿裏烏教派於318年或320年公開發表主張，強調基督既不是真神，也不是真人，是天父與人之間的半神，為被造者中的首先及最高者。阿裏烏堅持基督在各方面都與天父的本體和特性不同，基督也與人不同，基督沒有人的靈魂、耶穌次於天父，是受造物、聖靈更次於聖子和反對教會占有大量財產。

亞流之後也跟隨過在260年至271年當過安提阿主教的薩摩撒他人保羅的門生。薩摩撒他人保羅可以稱的上是影響亞流思想很深的人，亞流是很關心“上帝合一”的，他認為只有聖父不是受造的，而聖子及道都是受造的。此外，因為亞流受到希臘化思想的影響，他認為上帝本身不能去創造物質的世界、神與人之間的距離實在是遙遠到人無法與上帝有任何的互動及往來。亞流對聖子的看法是：他認為耶穌不是上帝也不是人，他認為耶穌擁有的只是一個人的“肉體”，但卻沒有人的“靈魂”在當中。而“道”，就是進入耶穌的裏面來代替所欠缺的人的靈魂。

整體看來，亞流他堅持否認耶穌的神性，他相信的是神的兒子是神所創造的，不可能是自有的，因此，聖子是一個可以改變的受造者而不是神。而耶穌，是因為他有一些好的行為，所以聖父才賦予他神性。基本上，亞流認為基督與聖父並不是屬於“同質”，且聖靈是屬於更小一點的，因為他是由於道而生的。

阿裏烏教派的主張，導致當時的基督教會陷入劇烈爭辯達百年之久，其主張與當時教會內另一派別相對。當時反對阿裏烏教派主張的有著名教父亞他那修。亞他那修主張基督是與父同本體、同永恒、同等，聖子是永在，完全不是被造。著名教父俄利根提出聖子“與父同永”，以“永遠生出”來解說父與子的關系。由於兩派的神學上的嚴重分歧，此神學爭論便發展至無休止的論戰。

此神學爭論被提到公元325年的基督教大公會議（即第一次尼西亞公會議）中討論，結果此派別被斥為異端。其後更被驅逐和逼害。第一次尼西亞公會議結束後，因會大公議中采用了關鍵性字詞“聖子與聖父同質”，耶穌與天父的爭論仍持續。

公元328年，亞他那修接任亞歷山大主教。亞他那修主張“若以基督為受造者，就是否認相信他而得救並與神聯合”、“基督是從聖父的本質中而生出來的”和“基督與父同質的”。另一方面，君士坦丁大帝結束了阿裏烏的流放，並恢覆其職。其後，亞他那修更被流放高盧。君士坦丁大帝在優西比烏的影響下，將《尼西亞信經》的捍衛者馬爾塞魯以散布異端的罪名撤職。羅馬皇帝君士坦丁大帝在神學態度上的變更和其後的羅馬皇帝支持，阿裏烏教派的勢力得以保存。

直到公元380年第一次君士坦丁堡公會議的召開，聖靈被接納為三位一體的神格，而阿裏烏教派再次被斥為異端。到此時，三位一體的神學思想基本上巳確立。阿裏烏教派從此大勢巳去，只在日耳曼人中存在。最後在歷史上淡出。

自324年起，君士坦丁大帝大興土木，在博斯普魯斯海峽旁修建新都君士坦丁堡，號稱新羅馬。330年，初步建成，其特殊的地理環境和戰略地位，是東羅馬帝國歷經千年不亡的重要原因。337年，君士坦丁大帝病重，死前接受了洗禮。

君士坦丁大帝去世後，羅馬帝國馬上就爆發了爭奪帝位的混戰，君士坦丁二世、君士坦斯、馬格嫩提烏斯先後被殺。353年，君士坦提烏斯二世成為了帝國唯一的統治者。361年，君士坦提烏斯二世的堂弟背教者尤利安造反，君士坦提烏斯二世在征討尤利安時去世，尤利安取得政權。尤利安受新柏拉圖主義影響，上臺後就實行反基督教政策，大力扶助多神教。他大肆攻擊基督教，教堂多被焚毀和搶劫，基督徒被趕出軍隊和學校，他本人還寫書攻擊基督教。經濟方面，尤利安取得了成功，制止了通貨膨脹。軍事方面，他擊敗了日耳曼人，並入侵波斯薩珊王朝。363年，尤利安在波斯陣亡。即位的約維安取消了尤利安的反基督教政策。

364年，約維安去世（可能為食物中毒），多瑙河軍官瓦倫提尼安一世被軍隊立為皇帝，接著他把帝國東部分給弟弟瓦倫斯。瓦倫提尼安一世駐軍米蘭，瓦倫斯駐軍君士坦丁堡。376年，瓦倫提尼安一世去世，瓦倫提尼安二世即位。378年，瓦倫斯在亞德裏亞堡與哥特人的作戰中陣亡，隨後帝國由格拉提安和狄奧多西一世共治。383年，格拉提安去世，狄奧多西一世與哥特人講和，允許他們在境內定居、參加軍隊和擔任官吏。388年，他擊敗了西部的篡位者馬格努斯·馬克西穆斯和弗拉維烏斯·維克托父子。392年，瓦倫提尼安二世在法國東南部維埃那的行宮中死亡。

380年東西兩方皇帝共頒一道上諭，定基督教為全帝國唯一合法宗教，也就是羅馬帝國國教。從此教會便反過來成了歧視其他宗教的特權宗教。

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