秦始皇還建立了一套相當完整的中央集權制度和政權機構。中央設丞相、太尉、禦史大夫。丞相有左右二員，是百官之首，掌政事。太尉掌軍事，不常置。禦史大夫是丞相的副貳，掌圖籍秘書，監察百官。丞相、太尉、禦史大夫以下，是分掌具體政務的諸卿，其中有掌宮殿掖門戶的郎中令，掌宮門衛屯兵的衛尉，掌京畿警衛的中尉，掌刑辟的廷尉，掌谷貨的治粟內史，掌山海池澤之稅和官府手工業制造以供應皇室的少府，掌治宮室的將作少府，掌國內民族事務和外事的典客，掌宗廟禮儀的奉常，掌皇室屬籍的宗正，掌輿馬的太仆等。丞相、太尉、禦史大夫與諸卿議論政務，皇帝作裁決。

在此之外，秦代還有一些比較重要的官職，比如博士—“掌通古今”，即通曉古今史以備皇帝咨詢，同時負責圖書收藏；典屬國——與典客一樣主管少數民族事務，不同的是典客掌管與秦友好的少數民族的交往，而典屬國則負責已投降秦朝的少數民族；詹事——管理皇後和太子的事務。秦王朝建立的這套中央集權機構的政權機構，以後一直被歷代王朝所仿效。其中漢代的“三公九卿”，基本上是照搬秦制。

秦始皇滅六國後，采納李斯的建議，廢除分封制，改行郡縣制。地方行政機構分郡、縣兩級。郡縣主要官吏由中央任免。

郡設守、尉、監（監禦史）。郡守掌治其郡。郡尉輔佐郡守，並典兵事。郡監掌監察事宜。秦始皇把全國分成三十六郡，以後又陸續增設至四十一郡。

縣，萬戶以上者設令（縣令），萬戶以下者設長（縣長）。縣令、縣長領有縣丞、縣尉及其他屬員。縣令、縣長主要管政務，縣尉掌握軍事，縣丞掌管司法。縣以下設鄉，其主要職能有四：⒈攤派徭役；⒉征收田賦；⒊查證本鄉被告案情；⒋參與對國家倉庫糧食的保管工作。鄉設三老掌教化，嗇夫掌訴訟和賦稅，游僥掌治安。鄉下設裏，是最基層的行政單位。裏有裏典，後代稱裏正、裏魁，以“豪帥”即強有力者為之。裏中設置嚴密的什伍戶籍組織，以便支派差役，收納賦稅。並規定互相監督告奸，一人犯罪，鄰裏連坐。此外還有掌管治安、盜賊的專門機構，叫做亭，亭設亭長。亭除了主要管理治安，還負責接待往來的官吏，掌管為政府輸送、采購、傳遞（文書）等事。兩亭之間，相距大約十裏。

“傳國玉璽”，就材於“和氏璧”。為秦以後歷代帝王相傳之印璽，乃奉秦始皇之命所鐫。其方圓四寸，上紐交五龍，正面刻有李斯所書“受命於天，既壽永昌”八篆字，以作為“皇權神授、正統合法”的信物。此後，歷代帝王皆以得此璽為符應，奉若奇珍，國之重器也。得之則象征其“受命於天”，失之則表示“氣數已盡”。凡登大位而無此璽者，則被譏為“白版皇帝”，顯得底氣不足而為世人輕蔑。由此便促使欲謀大寶之輩你爭我奪，致使該傳國玉璽屢易其主，終於銷聲匿跡。

前221年，秦始皇完成了統一中原的大業之後，就著手制定北討匈奴、南平百越的戰略。經過一系列的準備，前218年，秦始皇命大將屠睢和趙佗率50萬大軍，發動了征服嶺南越族的戰爭。秦軍兵分五路，經廣西北部的越城嶺、湖南南部的九嶷山以及江西南康和餘幹等地，向兩廣地區的越族進軍。其中，攻占番禺的這支秦軍最為迅速。他們經九嶷要塞，順北江而下，直達珠江三角洲地區，並占領了番禺。而進攻廣西地區越族人的兩支大軍，越人由於熟悉地形，善於爬山涉水，夜間偷襲秦軍，擾得秦軍苦不堪言。越人一度獲勝，秦軍糧道被斷，供給不足，主帥之一的屠睢也被殺害。由於糧食匱乏、主帥被殺、數十萬的秦軍傷亡，使戰爭陷入了對峙階段，前後相持達三年之久。

為了扭轉兵力不足、糧草供給的困難局面，前217年，秦始皇命監禦史史祿在廣西興安縣境內開鑿溝通湘水和漓水的靈渠。由於靈渠總長僅34公裏，工程的勞動量不大，秦軍很快就完成了。靈渠溝通了湘水和珠江水系，秦軍的糧餉能夠絡繹不絕地運到嶺南，為秦始皇完成嶺南提供了可靠的物質保障。

前214年，秦始皇命任囂和趙佗再次進攻百越各部族。秦軍勢如破竹，很快擊潰了今廣西等地的西甌族和今越南中、北部的雒越族的反抗，整個嶺南地區從此劃入了秦朝的版圖。為了保持嶺南的穩定，秦始皇命進軍嶺南的將士留守當地“屯戍”。另外，還從中原向嶺南地區大批移民。留守的將士和移民，除少數與中原移民女子結婚外，其餘多娶越女為妻。他們為嶺南地區帶來了先進的文化和農業、手工業技術，為嶺南的發展做出了重大的貢獻。秦平嶺南的戰爭是秦始皇統一中國戰爭的重要組成部分。它在歷史上第一次正式將嶺南納入了中國的版圖，使越族正式成為中華民族大家庭的一員。它對促進漢越民族的融合及嶺南社會政治、經濟和文化的發展都起著不可忽視的作用。

秦始皇三十三年至三十四年（前214年—前213年），秦始皇遣將軍蒙恬率軍北擊匈奴的一次大規模進攻戰。戰國時期中原各國忙於征戰，無暇北顧，匈奴經常襲掠與其接壤的秦、趙、燕三國北部邊地。為解除匈奴對秦的威脅，秦始皇命蒙恬率30萬大軍北擊匈奴。

秦始皇三十三年（前214年）春，蒙恬統主力軍從上郡（郡治膚施，今陜西榆林市南）北出長城攻其東；楊翁子率偏師由肖關（寧夏固原東南）出長城攻其西。匈奴敗逃。秦遂取河南地（內蒙古烏加河以南及伊克昭盟地）。沿河置44縣，移民墾守。因匈奴不斷來攻，次年秋，秦始皇覆命蒙恬軍又北渡黃河，取高闕（內蒙古狼山中部計蘭山口），攻占陽山（內蒙古烏加河北的狼山、陰山）、北假（烏加河以南夾山帶河地區）。匈奴不敵，向北遷徙。為鞏固河南地區，秦置九原郡（郡治九原，內蒙古包頭市西北）。為防止匈奴南下，蒙恬奉命征發大量民工在燕、趙、秦長城基礎上，修築了西起臨洮（甘肅岷縣），東到遼東的萬裏長城，對鞏固秦北部邊地發揮了重要作用。秦朝反擊匈奴的勝利，是對匈奴貴族侵擾勢力第一次最沈重的打擊。匈奴單於“頭曼不勝秦”，被迫“北徙”十餘年。

故漢初著名政論家賈誼稱其“郤匈奴七百餘裏，胡人不敢南下而牧馬，士不敢彎弓而報怨”。桑弘羊也說：經蒙恬反擊之後，“匈奴勢慴，不敢南面而望十餘年”。這場反擊戰，解除了匈奴奴隸主貴族的侵擾與破壞，“悉收河南地”，使今河套內外，大河南北的廣大地區，在一個相當長的時間內擺脫了兵禍的災難。

秦始皇為開拓西南，由於西南各族人民和內地有著長期的交往，決定打通西南。派常頞通西南夷。常頞以其交通受阻，乃發眾開鑿了一條從今四川宜賓通往雲南滇池一帶的棧道，因“其處險阨”，“道廣才五尺”，故名五尺道。棧道開通後，大秦的勢力直接抵達且蘭、夜郎、邛都、昆明等地，並在這裏設官“置吏”，建立了行政機構。與此同時，秦又經蜀郡，加強了與邛都、筰、冉者的聯系，並使之納入了郡縣制的行政系統。從此，西南少數民族地區不僅密切了與內地的關系，而且成為了統一多民族國家的一部分。

秦始皇對東南、嶺南、西南以及北方等邊遠地區的開拓，在這遼闊的疆域裏，在一個國家政權的管理下，生活著各族人民，形成為一個統一多民族的大國，這不論是在中國史還是世界史上都具有極為巨大而深遠的意義。此外，秦始皇還開了通往西南的五尺道，大致自今四川宜賓至雲南曲靖一線，控制了當地的部族國家，將政治勢力伸入了雲貴高原。

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